然而，这时一场由毛泽东亲自发动和组织领导的波澜壮阔的反右斗争，已经开始席卷全社会。马寅初当然也被波及，有人说他是借人口问题，搞政治阴谋，也有人说《新人口论》是配合右派向党进攻……，在这场扑面而来的急风暴雨中，马寅初弄不清这到底是怎么回事，为什么几个月前计划生育问题刚刚受到毛泽东的赞扬，而现在却又受到人们的批判……
实际上毛泽东对于人口多一些好还是少一些好，内心一直是矛盾的。直到“大跃进”开始，粮食卫星飞上天，毛泽东的思想才确定下来，毛泽东说：“现在看来，搞十几亿人口也不要紧。”
此时，马寅初并不清楚，他的理论已经面临着最高决策层的挑战。陈伯达在北京大学举办60年校庆的大会上，就指名道姓地说：“马老要为《新人口论》做检查。”刘少奇在中国共产党八届二次会议上作报告时，也不点名地批判了马寅初。
7月9日，毛泽东召见邵力子、陈叔通、黄炎培、章士钊、李济深、张治中等党外人士，听取他们对“大跃进”的意见。为遭到批判的马寅初而担忧的邵力子，并未因此而放弃自己的主张，他抓住时间向毛泽东进言，希望毛泽东支持节育，毛泽东坚持自己的观点说：“人口问题，目前还不严重，可以达到八亿时再讲人口过多。”但又应付了一句：“但对计划生育，仍应实施”。
毛泽东此时正陶醉于各地大放高产卫星的喜悦之中，以为事实再一次证明了他的英明预见，“在共产党领导下，只要有了人，什么人间奇迹也可以造出来。”
而此时的马寅初面对对他不公正的批判却变得愈加冷静。他认定自己的理论是正确的，并于5月9日和7月24日—31日在《光明日报》上发表了《再谈我的平衡理论中的‘团团转’理论》和《再谈平衡论和团团转》两文，但马寅初也并没有认为自己的理论已经十全十美，所以，从8月开始，他多次走出校门，到外地搞调查，以求证实和完善自己的理论。
1959年，庐山会议后，全国再次掀起批右高潮。周恩来特意约马寅初谈了一次话，劝马寅初不要过于固执，从大局着眼，还是写个检讨好。别人劝马寅初，马寅初还可以不放在心上，周恩来劝马寅初，马寅初就不得不认真对待了。
这次谈话后，马寅初仔细地对《新人口论》进行了梳理，看看是否真有什么错误。但梳理的结果，证明并没有错。他仔细阅读了报刊上发表的批判他的文章，对这些文章的主要观点一一进行反驳，又写成5万余字的《我的哲学思想和经济理论》一文，文章的后面还有两篇附带声明，其一是“接受《光明日报》的挑战书”，其二是“对爱护我者说几句话并表示衷心的感谢”。马寅初将手稿送到《新建设》杂志编辑部，要求尽快发表。
马寅初的倔强是出了名的。马寅初常对人说：“言人之所言，那很容易，言人之所欲言，就不太容易，言人之所不敢言，就更难。我就言人之所欲言，言人之所不敢言。”
《新建设》杂志编辑部收到马寅初的文稿后，不敢擅自作主，将文稿送中共中央宣传部和中央理论小组审阅。当时任中央理论小组组长的是康生。
康生是靠整人起家，善搞“莫须有”的老手，有两种人他是绝不放过的，一种是对他的政治前途有影响的人，一种是可以为他的政治生涯铺路的人，马寅初当然就属于这后一种的人。
自从毛泽东发动“大跃进”以来，对人口问题有过多次论述，特别是毛泽东在上年8月讲“人口的观念要改变”，康生就一直等待机会，当他看到马寅初的文章和附带声明中的：“我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单身匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以压服不以理说服的那种批判者们投降。”就大发其火，决定向马寅初动手了。
10月24日，康生召集理论界和有关报刊负责人开会，部署对马寅初的全面批判。他得意地说：“马寅初送给《新建设》的文章，原来我担心他会把辫子藏起来，改变观点。现在看全部未变，他的观点暴露出来了，有辫子。对马寅初过去在《光明日报》上发表的文章进行批判，没有正规地搞，《人民日报》没有搞，还没有正规战，只是游击战。现在他挑战，应当应战。”