大本营被端掉后，上海不法资本家继续利用小商小贩，在各非主要街道和里弄里贩卖银元。虽然这些零星活动在上海金融领域已掀不起太大的风浪，但仍在上海市民中造成一定负面心理影响。陈云对此仍然十分重视，他指示，要派出军警人员去抓这些小商小贩。但这些小商小贩十分机灵，一见到警察，就跑得无影无踪了。鉴于这种情况，陈云指示，抓住一些倒卖银元的小商小贩后，就追查他们的根子，打击他们的后台。经过深挖根子，不久，就把倒卖银元的老窝给端掉了，上海街道上再也见不到银元贩子了。
接着，陈云指示华东局、华中局，采取以下措施：1.命令铁路、公路、上海公用事业，一律收人民币。2.征税一律征人民币。3.在上海首先发行实物公债，其他一些地方也要发行一些公债。4.通令各私人银行检验资金。5.开放全国各地区之间的汇兑，用已经较稳固的老区货币支持新区货币。
陈云运用强力的与和平的两手，政治的和经济的两手，很快就把上海不法资本家掀起的银元风波平息了下去，稳住了上海的金融市场。
粮食之战
上海是个大城市，粮食供应问题历来是一个使执政者操心的大问题。上海解放前由于遭到长期围困，粮食一度紧缺。人民政权成立后，想尽办法解决粮食问题。上海不法资本家意识到了这一点，他们操纵粮食市场囤积居奇，企图以此挑战新政权。在他们的操纵下，1949年夏季，上海的粮食价格大幅度上涨，已经超过一般商品的一倍到两倍以上。粮食价格的上涨，不仅影响了工业生产的成本和其他商品的价格，也造成了人心浮动。陈云意识到，同上海不法资本家打一场粮食仗已经势在必行，而且一定要打胜，才能恢复上海的经济。这时，我们有些干部在这个问题上似乎信心不足。陈云就鼓励大家说，不要悲观，我经过仔细计算，上海每天有300万斤粮食就够了，这个我们能够解决。接下来，陈云组织政府人员从各产粮地区配售大米，每月配售3000万斤，每天100万斤。同时，通过规范、整顿市场，使上海每天能自由上市大米80万斤，上海也有一部分人吃面，上市面粉可抵80万斤大米。市民在战乱时期都存有应变粮，这些也可以补充粮食缺口。上海周边都是产粮区，7月底江苏的早稻就熟了，而且价格比上海低，陈云立即组织人员收购江苏的大米，运到上海，供应市场。为了万无一失，陈云还从东北、华中调来1亿多斤粮食，然后，在九、十两个月每月供应市场6000万斤。一开始，不法资本家见政府运来粮食，便组织高价收购，企图把共产党调来的粮食也控制在手里。当他们手中囤积大批粮食时，才发现，共产党组织的粮食供应源源不断，并且用平价销售，他们高价收购的粮食，卖不出去，只能低于市场价售出，亏了老本，许多不法资本家囤积的粮食烂在了手中。
为了使资本家永远也不能操纵上海的粮食市场，陈云组织干部，到江苏、浙江等产粮地区，与那里订立了长期的粮食交易协定，保证由这些地区长期、平稳地供应上海粮食，这样，不法资本家就被彻底挤出了粮食市场。粮食之战，又以共产党的胜利而告终。
棉花之战
早在20世纪30年代，上海就是纺织业发达的城市，纺织业在上海工业中占有相当大的比重。上海解放后，恢复生产所面临的一个大任务，就是恢复纺织业生产。上海不法资本家看到了这一点，他们的打算是，控制了棉花，上海的纺织工厂就开不了工，上海就不能恢复生产，共产党就会去求他们，他们就能借此来左右共产党的政府了。
陈云识破了这一阴谋。他在组织恢复生产中，首先就抓住了棉花这一关键环节。人民政府手中掌握的棉花一时没有那么多，陈云就指示，先让上海三分之二的大纺织厂开工，优先供应这些工厂棉花。接着，他组织人员从各方面收购棉花，从中纺收购23万担，从香港收购一些，从上海贸易处收购一些，再从华东、华北、西北买进一些，很快就集中了79.6万担棉花，完全满足了上海各纺织工厂的原料需求。在从各方面收购棉花的同时，陈云预先把收购新棉的计划安排下去，11月底就把新棉拿到手了。接着，又从华北、华中、西北、华东订购了480万担棉花。这样，共产党手中就基本掌握了棉花市场，保证供应各纺织厂生产的原料。不法资本家一看共产党已经掌握了棉花供应，害怕亏本，只好把手中掌握的棉花低价售出。在棉花之战中，不法资本家们又败下阵来。