真相一点点被揭开，秘密却越来越深……
一架国际航班，一场暴风雨，一个惊慌的乘客，一支注射器，注定是一场恐怖的桥段，当故事开始于飞机上乘客的血腥支离的脸部特写时，心被疑惧纠结。
美国的电影在反映政治时总喜欢扑朔迷离，FBI也是最经常现身的元素。这次，我们的女主角就是FBI的探员，奥立薇亚·德纳姆，她的出场有些旖旎，有些温情，给故事定了一个意想不到的基调。
德纳姆通过争取，才从自己曾经因为秉公执法而得罪的上司布洛伊那里得到参与调查飞机事故的权利。飞机上的悲惨令人震惊，亲密爱人的遇难更让人难以接受。约翰·斯科特是德纳姆的同事和爱人，在被布洛伊派往调查一个仓库时被爆炸和人工化合物波及，遭遇到飞机上同样的痛苦，全身肌肤透明，肌肉组织透过表皮清晰可见，无法自由呼吸，生命危在旦夕。
德纳姆心痛至极，为救爱人性命，只好自己拼命调查，终于发现一个曾经与政府有合作关系的科学研究员沃尔特·贝肖普的研究与飞机上的事故有关联，在与布洛伊的争吵后，得到一个进一步调查的机会。通过沃尔特·贝肖普的儿子彼特·贝肖普的带领，才在精神病院见到了住院17年的沃尔特·贝肖普。
很显然，沃尔特对这些事故所涉及的都很在行，彼特在德纳姆的威逼之下，把自己的父亲领出了精神病院，共同开始研究约翰的病情。
这就足够了，一切都开始往着希望的方向走。德纳姆听从沃尔特的方法，把自己泡在液体里，头上接上天线，和昏迷中的约翰的思维同步，共享信息，得到了引爆仓库的凶手的长相，经过一翻追击，终于在彼特的帮助下抓住了凶手。彼特刑问出约翰所中感染物的组成，和沃尔特共同治愈了已临死境的约翰。只是，也许，没有成功的话会更好一点。
德纳姆从沃尔特的一句话里发现了一个至关重要的线索，线索的另一端是一个几乎动不了的富豪，那里还有先进的科技和一个看起来慈祥的女人。故事开始往着科幻发展，灵活的机械臂，不老的容颜，引起海啸的高频声波，熟悉X档案的观众肯定对这些都不会陌生。当德纳姆拒绝了布洛伊的调查邀请时，故事并没有结束。
被抓住的凶手给了德纳姆一卷录音带，告知了飞机上事故的真相，只是一场警示，牺牲自己兄弟来警告业务合作方，那个在飞机上注射了感染物的乘客就是凶手的孪生兄弟，凶手在注射器里放进了感染物，造成了开始那场飞机上的残忍的事故。也许是恶有恶报，凶手被杀人灭口。德纳姆从录音带中知道了凶手背后的人就是刚被治好的约翰·斯科特，于是，在一场飞车追逐战中，约翰被德纳姆撞翻了车，真的死了，临死时只留下一句：“你仔细想想，为什么布洛伊派你去调查仓库。”我想了很久，感觉也不是很明白，开始是以为因为仓库的线索和飞机事故没有关系，是故意被调离工作重心，结果，仓库却是最重要的一条线索。
在德纳姆伤心欲绝的哭泣中，好象，一切都没了意义，根据主角不死定律，这个时候我才能肯定，原来我们的男主角是彼特·贝肖普而不是约翰·斯科特。
片尾有这样一段话：现在的工作和十年前不一样，我们理应保护世界，在这世界稍有差池，就会大祸临头，连企业的安全许可级别都比我们还高，我们还怎么来保护大众，上级对我们调查的案子遮遮掩掩，你知道事实是我们已经遭到淘汰。看起来，这只不过是一个FBI探员因为同事的死，对工作所生的埋怨而已，因为生存而工作，因为工作而失去生命。可是，这场埋怨却激起了德纳姆的斗志，下定决心去追寻这真相死亡后的真相。
其实，一切都没有结束。在冷冰冰的商业大楼里，死去的约翰·斯科特被推进了一间房间，准备接受审问。